Vlak voor het uitvliegen kan bij grote (kraam)kolonies gekwetter vanuit de verblijfplaats hoorbaar zijn. Omdat de meervleermuizen wel 60 meter kunnen kruipen tot de uitvliegopening, is dit echter niet altijd hoorbaar. Meervleermuizen vliegen later op de avond uit en komen eerder in de nacht weer in de verblijfplaats terug ten opzichte van dwergvleermuizen. Hierdoor is het praktisch om aanvullend een warmtebeeldcamera te gebruiken, omdat de uitvliegende dieren in het donker of op grote hoogte moeilijk te onderscheiden zijn. Soms is het best lastig om te zien of een vleermuis uitvliegt of langsvliegt. Let daarom op het vlieggedrag: een uitvliegende vleermuis laat zich duidelijk vallen en een langsvliegende vleermuis houdt veel meer dezelfde hoogte aan. De meervleermuizen vliegen één voor één of in groepen tot tien dieren uit. Het gebruik van meerdere uitvliegopeningen vormt geen uitzondering.